Faktoring podlega opodatkowaniu VAT, ale w specyficzny sposób. Sama wypłata środków za fakturę nie jest objęta VAT – podatkiem objęta jest usługa faktoringowa, czyli prowizja i opłaty pobierane przez faktora.
Dla przedsiębiorcy oznacza to, że VAT naliczony od kosztów faktoringu może być zazwyczaj odliczony jako koszt prowadzenia działalności, jeśli firma jest czynnym podatnikiem VAT. Samo finansowanie faktury nie zmienia natomiast zasad rozliczania VAT z tytułu sprzedaży towarów lub usług.
