Korzystanie z samego systemu nie wiąże się z żadnymi opłatami. Jedyny koszt może dotyczyć:
- abonamentu programu do fakturowania,
- ewentualnej konfiguracji integracji z KSeF przez dostawcę systemu.
W praktyce większość mikro i małych firm ponosi symboliczny koszt miesięczny za system fakturowy online, który automatycznie łączy się z KSeF.
