KSeF będzie obowiązkowy też dla wszystkich Jednostek Samorządu Terytorialnego.
Oznacza to, że jednostki samorządu terytorialnego (JST), ich jednostki organizacyjne oraz inne instytucje budżetowe są objęte tym samym harmonogramem, co pozostali przedsiębiorcy.
Harmonogram wdrożenia KSeF dla jednostek budżetowych
| Typ jednostki | Termin obowiązku | Uwagi |
| Jednostki budżetowe i samorządowe (JST) | 1 kwietnia 2026 r. | Obowiązek wystawiania i odbierania faktur przez KSeF – tak samo jak u małych i średnich firm |
| Jednostki posiadające duży obrót (powyżej 200 mln zł w 2024 r.) | 1 lutego 2026 r. | np. duże spółki komunalne lub centralne jednostki gospodarcze |
| Pełne wdrożenie (bez wyjątków) | 1 stycznia 2027 r. | wszystkie JST i ich jednostki będą obowiązkowo w KSeF |
